L’une des conséquences du développement de la mobilité est une amplification de la pollution. Pour contrer cet effet, il s’agit donc de privilégier une politique de transports propres, harmonisée et jugulée, sans stigmatiser aucun mode de transport, notamment la route, qui demeure essentielle pour les transports courts. Jacques Barrot préconise 3 exigences :

• Etre pragmatique et mettre en place une chaîne des transports favorable à l’environnement. En effet, il est nécessaire de réussir la combinaison des différents moyens de transport. Le Commissaire européen estime qu’une attention particulière en faveur des modes de transports alternatifs à la route est nécessaire. Néanmoins il est primordial d’accorder les moyens indispensables à cette politique afin d’obtenir des résultats concrets. Les Etats membres doivent contribuer à la mettre en œuvre, et le budget européen consacré à cette thématique doit être augmenté proportionnellement aux coûts que cette politique engendre.

• « Rendre la route verte ».  Jacques Barrot présente des objectifs ambitieux comme :

• 120 grammes d'émission moyenne de dioxyde de carbone par kilomètre pour les automobiles à l'horizon 2012 ;
• 10 % d'incorporation de biocarburants dans l'essence et le gasoil d'ici à 2020,
• favoriser l’achat des véhicules dernière génération, beaucoup plus propres,
• appliquer le mécanisme d’échanges de droits d’émission aux véhicules de la route,
• s’appuyer sur l’apport des nouvelles technologies de la communication et des satellites, lesquels permettent une meilleure gestion des flux et des péages.

• Organiser des transports plus intelligents grâce à la combinaison de nouvelles technologies de communication et de la navigation par satellite : en plus de d’une meilleure gestion des flux et des péages routiers, Jacques Barrot avance le projet européen SESAR, qui a pour objectif de moderniser le contrôle aérien et d’éviter ainsi la congestion de certains couloirs aériens et de réduire les voyages à vide.